به منظور اجرای پروژه کارت ملی هوشمند در سطح ملی، ابتدا اجرای یک فاز مطالعاتی و طراحی (پیش‌پایلوت) برای ده هزار نفر از کارمندان استان قم و سپس اجرای یک پروژه پایلوت برای یک میلیون شهروند ساکن استان قم در نظر گرفته شده است. با توجه به وسعت و پیچیدگی ماهیت چنین پروژه‌هایی در حوزه فن‌آوری اطلاعات، اجرای مرحله‌ای، یکی از منطقی‌ترین و رایج‌ترین شیوه‌های رسیدن به اهداف نهایی است. بدین منظور، پیش از اجرای پایلوت پروژه کارت ملی هوشمند، مرحله‌ای تحت عنوان پیش پایلوت در نظر گرفته شده است که به منزله‌ی گامی جهت آمادگی برای شروع پایلوت اصلی پروژه در نظر گرفته شده است.

مرحله پیش‌پایلوت  در تاریخ 8/11/88 همزمان با آغاز پیش پایلوت در استان قم و با ثبت‌نام از 53 نفر از اعضای خانواده معظم شهدا، جانبازان و آزادگان آغاز گردید.

پروژه کارت ملی هوشمند به دو فاز تقسیم شده است. فاز اول آن اجرای پروژه بصورت پایلوت برای شهروندان استان قم می‌باشد که جمعیت این استان در حدود یک میلیون نفر تخمین زده می‌شود. براساس خروجی پروژه پایلوت و تجربه حاصل از آن، فاز دوم پروژه اجرا خواهد شد که در این فاز صدور کارت برای شهروندان در سراسر کشور صورت خواهد گرفت.

ثبت نام از 10243 نفر جهت دریافت کارت هوشمند ملی در 10 ایستگاه کاری در محل دفاتر خدماتی تا پایان ساعات اداری روز سه‌شنبه 24/01/89 انجام شد.